Στο Βοτανικό Κήπο του Πανεπιστημίου Κρήτης συμμετέχουν ερευνητικά εργαστήρια με σύγχρονη υποδομή και ένα ευρύ δίκτυο διεθνών συνεργασιών στα οποία εκτελείται υψηλού επιπέδου έρευνα με τη χρήση μοντέρνων ερευνητικών τεχνικών και σύγχρονων εργαλείων ανάλυσης και επεξεργασίας δεδομένων.