Ο Βοτανικός Κήπος του Πανεπιστημίου Κρήτης βρίσκεται στην Πανεπιστημιούπολη του Γάλλου, περίπου 4 χιλιόμετρα από το κέντρο της πόλης του Ρεθύμνου. Προβλέπεται να έχει επισκέψιμα τμήματα για εκπαιδευτικούς σκοπούς και στην Πανεπιστημιούπολη των Βουτών στο Ηράκλειο.

Ο Βοτανικός Κήπος στο Γάλλο οργανώνεται σε τρεις χωρικές ενότητες.

Η Ζώνη Α βρίσκεται στο Νότιο άκρο της Πανεπιστημιούπολης και περιλαμβάνει το δάσος βελανιδιάς με τις αντίστοιχες ανθρωπογενείς δομές. Η Ζώνη Β βρίσκεται στο Βόρειο άκρο της Πανεπιστημιούπολης και περιλαμβάνει χαμηλή μεσογειακή θαμνώδη βλάστηση, με εγκαταλειμμένες καλλιέργειες και ανθρωπογενείς δομές. Η Ζώνη Γ περιλαμβάνει θεματικούς μικρο-κήπους εντός του δομημένου χώρου, ανάμεσα στα κτηριακά συγκροτήματα του Πανεπιστημίου.